1.物业管理软件数据安全性难以保证。有的系统开发人员忽略操作权限设置，导致其他不能使用该系统的人员也可进入。此外，由于决策支持系统可以通过Internt或局域网与外界环境进行交流，若不设置防火墙或采取一定的加密手段，数据的完整性和正确性难以得到保障。
2.不能实现系统的灵活性。通常企业需求分析包括一个模型逻辑或数据分析中所使用的计算有效性验证。决策支持系统的设计过程一般周期很长，如果由于企业需求不断改变导致输出设计不断改变，数据分析所使用的逻辑也相应需要改变，而这种变化不可避免会出现错误，尤其是在所用逻辑没有得到经常检验和及时归档的情况下。如果处理逻辑出现问题，那么基于计算机的决策支持系统也就没有了存在的价值。
3.系统设置与设计需求不能匹配。通常在系统设计过程中，需要考虑系统需求来进行软硬件的选择。但用户在开发过程中常常只看到系统的现时需求，而忽略其长远需求。例如一个集团化的物业管理软件实体，在开发决策支持系统时，没有考虑到公司未来业务的扩展规模，选用了微型计算机来实施，这必然会使其在将来的某一时刻由于业务量的激增而导致系统瘫痪。因此，企业必须综合考虑短期与长期需求，从多种设计方案中进行选取。